病理图片处理代码HistoQC使用记录

HistoQC源代码地址https://github.com/choosehappy/HistoQC2026.7.23更新官网更新了代码官网给了一套安装教程不过如果按照官网的安装教程会有各种各样的问题特来更新。docker没有尝试只使用的pip方式将 HistoQC 代码库克隆到本地计算机gitclone https://github.com/choosehappy/HistoQC.gitcdHistoQC设置虚拟环境**注意**这儿最好先自己创建一个conda 虚拟环境且要求python版本为3.9或3.8。然后再进行下面的操作。python3.9-mvenv venv#切记这儿不要使用官方提供的python3 -m venv venv因为会出现很多问题。sourcevenv/bin/activate安装 HistoQCpipinstall.官方提供的验证安装的命令如下不过会报错ModuleNotFoundError: No module named ‘histoqc.import_wrapper’。我尝试了一下直接忽略就行没有影响。histoqc--help更新结束部署按照官方的需求配置环境然后直接使用即可首先转到HistoQC的目录下python-mhistoqc-cv2.1-n3*.svs#如果上述histoqc --help命令报错则这儿不能使用官方提供的histoqc -c v2.1 -n 3 *.svs要使用我这个命令这里的*.svs改为存储病理图片的路径可以使用绝对路径或者相对路径。如果报错OSError: /lib/x86_64-linux-gnu/libgobject-2.0.so.0: undefined symbol: ffi_type_uint32, version LIBFFI_BASE_7.0就在执行这条命令之前先执行下面的命令exportLD_PRELOAD/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.7为了防止意外最好先检查服务器的/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.7路径是否存在。这样就完成了病理图像的处理工作结果会保存在一个名字类似为histoqc_output_YYMMDD-hhmmss的文件夹中如果想使用UI界面可视化则执行python-mhistoqc.config--showlightmylight.inipython-mhistoqc.ui ./histoqc_output_YYMMDD-hhmmss/results.tsv这儿的histoqc_output_YYMMDD-hhmmss/results.tsv最好使用绝对路径因为我使用相对路径时经常报错找不到文件。执行完毕后可以在 Web 浏览器中导航http://hostname:5000至以查看结果。这儿会看到很多结果例如mask有一些结果我也不清楚具体有什么作用了解的朋友大家可以一起讨论。