做单细胞研究找到合适的参考Atlas往往能事半功倍。在最新发表于MedCommQ1 IF10.7的重磅综述《Single-cell and Spatial Omics: Methods and Applications》中作者系统汇总了覆盖多个器官、疾病和生理系统的经典单细胞与空间图谱资源Table 3涵盖神经系统、呼吸系统、心血管系统、消化系统、泌尿系统、免疫系统以及发育领域等方向。我们将这些资源进行了整理并附上数据库入口方便大家收藏查阅。瑞兴生物依托丰富的单细胞与空间组学数据库资源支持公共数据整合分析助力从公开数据中发现新的研究线索~~01 全身参考图谱Whole-body Atlas01Human Cell AtlasHCAHuman Cell AtlasHCA是全球规模最大的细胞图谱计划旨在构建覆盖人体所有组织、器官及疾病状态的标准细胞参考图谱。目前已整合超过6200万个细胞和9100余名供体样本是单细胞研究最重要的公共资源之一。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口https://data.humancellatlas.org02Single Cell AtlasSingle Cell Atlas 是一个整合多种单细胞与空间组学数据的人类细胞百科平台覆盖多个组织和器官可用于细胞类型查询、基因表达检索及公共数据再分析。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口http://www.singlecellatlas.org03Tabula SapiensTabula Sapiens 是目前最经典的人体多器官单细胞参考图谱之一涵盖24种组织、近500种细胞类型系统描绘健康人体细胞组成和功能状态。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口https://tabula-sapiens-portal.ds.czbiohub.org02神经系统Atlas01Brain Cell AtlasBrain Cell AtlasBCA整合人类和小鼠多个脑区的单细胞及空间组学数据系统解析神经元、胶质细胞等脑细胞类型的组成、发育和空间分布特征。数据类型单细胞转录组scRNA-seq 空间组学数据库入口https://www.braincellatlas.org/dataSet02Multiregion Atlas of Alzheimers Disease该图谱基于阿尔茨海默病患者多个脑区样本构建系统解析疾病进展过程中神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞等关键细胞群的变化。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口https://www.synapse.org/#!Synapse:syn3151286303Spatial Proteomics and Transcriptomics of Glioblastoma该研究整合空间转录组和空间蛋白组技术构建人类胶质母细胞瘤Glioblastoma空间图谱揭示肿瘤异质性及肿瘤微环境互作网络。数据类型空间转录组 空间蛋白组数据库入口https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?accGSE23718303 呼吸系统Atlas01The Integrated Human Lung Cell Atlas该图谱整合486例样本、超过240万个细胞覆盖健康肺组织及多种肺部疾病是目前最全面的人类肺细胞参考图谱之一。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口https://cellxgene.cziscience.com/collections/6f6d381a-7701-4781-935c-db10d30de29302COVID-19 Immune Atlas该图谱汇总COVID-19患者外周血免疫细胞数据系统描绘病毒感染过程中免疫细胞组成及免疫应答变化。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa-human/browse/HRA00114903Bronchoalveolar Immune Atlas该图谱基于COVID-19患者支气管肺泡灌洗液BALF样本构建解析肺部局部免疫微环境和炎症反应特征。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?accGSE17152404Lethal Lung Atlas该图谱聚焦重症及死亡COVID-19患者肺组织揭示严重感染状态下肺部细胞组成重塑和组织损伤机制。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口https://duos.broadinstitute.org05Post-tuberculosis Lung Atlas该图谱基于肺结核患者治疗后的肺组织样本构建用于研究结核病后遗症及肺组织修复过程中的细胞状态变化。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa-human/04 心血管系统Atlas01Dilated and Hypertrophic Cardiomyopathy Atlas该图谱整合扩张型心肌病DCM和肥厚型心肌病HCM患者心脏组织的单核转录组和Bulk RNA数据系统解析不同心肌病的细胞组成和分子特征。数据类型snRNA-seq Bulk RNA-seq数据库入口https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell02Atherosclerotic Plaque Spatial Atlas该图谱利用空间转录组技术构建人类动脉粥样硬化斑块空间图谱揭示血管壁细胞和免疫细胞的空间组织规律。数据类型空间转录组数据库入口https://www.cncb.ac.cn/search?dbIdqHRA00603005 消化系统Atlas01Multimodal Spatial Cell Atlas of Intestine该图谱是HuBMAP计划的重要组成部分通过整合单细胞和空间组学技术系统描绘健康人类肠道细胞组成及空间结构。数据类型单细胞转录组 空间转录组数据库入口https://portal.hubmapconsortium.org02PDAC Atlas该图谱聚焦胰腺导管腺癌PDAC系统解析肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞之间的相互作用是胰腺癌研究的重要参考资源。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/browse/CRA00116003Spatial Atlas of Liver Cancer该图谱利用Stereo-seq技术构建人类肝癌空间图谱实现亚细胞级别的空间分辨率分析。数据类型空间转录组数据库入口https://db.cngb.org/data_resources/project/CNP0002199/04Evolutionary Atlas of ESCC该图谱整合单细胞转录组与空间转录组数据系统描绘食管鳞癌ESCC从癌前病变到肿瘤形成的演化过程。数据类型单细胞转录组 空间转录组数据库入口https://github.com/PansccSpat/SpatialMapESCC06 泌尿系统Atlas01Multimodal Spatial Atlas of Kidney该图谱由HuBMAP与KPMP联合构建通过单细胞和空间组学技术系统解析健康人肾脏组织的细胞组成和空间结构。数据类型单细胞转录组 空间转录组数据库入口https://atlas.kpmp.org/explorer/02Cross-species Single-cell Kidney Atlas该图谱整合人类和小鼠肾脏单细胞数据用于研究肾脏发育、疾病发生及跨物种保守机制。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口https://www.kpmp.org07 免疫与血液系统Atlas01Pediatric AML Longitudinal Atlas该图谱基于儿童急性髓系白血病AML患者及健康供体骨髓样本构建动态追踪疾病发生、治疗和复发过程中的细胞变化。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口https://ega-archive.org02Pan-cancer T-cell Atlas该图谱整合超过700例肿瘤样本覆盖多种实体瘤和血液肿瘤系统解析肿瘤浸润T细胞状态及耗竭程序。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口http://cancer-pku.cn:3838/PanC_T03Pan-cancer NK-cell Atlas该图谱整合多癌种肿瘤样本中的NK细胞数据系统解析NK细胞异质性及其在肿瘤免疫中的功能状态。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?accGSE21289004Pan-cancer B-cell Atlas该图谱整合多癌种肿瘤样本中的B细胞数据揭示B细胞亚群组成及三级淋巴结构TLS相关特征。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?accGSE23323605Curated Cancer Cell Atlas3CA该图谱整合24种癌症类型、1163例患者样本构建标准化泛癌细胞参考图谱为肿瘤单细胞研究提供统一注释框架。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口https://www.weizmann.ac.il/sites/3CA08 生殖与发育系统Atlas01SARS-CoV-2 Placental Niches Atlas该图谱整合单细胞与空间组学数据系统解析SARS-CoV-2感染后胎盘组织的细胞组成变化及空间微环境重塑过程。数据类型单细胞转录组 空间转录组数据库入口https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?accGSE22298709 结缔组织Atlas01Cross-tissue Fibroblast Atlas该图谱整合肺、肠道、皮肤和滑膜等组织中的成纤维细胞数据揭示慢性炎症疾病中共享的成纤维细胞状态和保守分子程序。数据类型单细胞转录组scRNA-seq数据库入口https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9271637/单细胞研究正在从“数据生成时代”迈向“Atlas时代”。越来越多高水平研究已经不再局限于单个项目而是将实验数据与公共Atlas资源结合通过跨组织、跨疾病、跨队列整合分析发现新的细胞亚群、疾病机制和治疗靶点。对于单细胞研究者而言熟练利用这些Atlas资源已经成为开展高水平研究的重要能力。
